HGVS命名法

随着基因检测技术的不断发展和在临床实践中的广泛应用，越来越多与疾病相关的基因和变异被发现。然而，在过去，这些变异的命名方式千差万别。为了实现对变异的注释自动化、变异文献检索的全面性以及变异描述的标准化，建立统一且通用的变异命名规则变得非常重要。为此，人类基因组变异协会（Human Genome Variation Society，HGVS）于2000年提出了一套统一且    通用的序列变异命名系统，该系统已被国际广泛采用。

通常，HGVS命名由三个部分组成：参考序列、基因水平变化和蛋白水平变化（如图1所示）。下面将逐一介绍各部分的命名规则。

图1. 基因变异HGVS命名

一、参考序列

参考序列是用作比较和分析其他个体基因组序列的标准基因组序列。参考序列命名通常包含3部分：参考序列类型+编号+版本。比如NM_005228.5，其中“NM_”代表参考序列类型，“005228”代表参考序列编号，“.5”代表版本号。根据参考序列类型的不同，分别用不同的字母表示，具体如下：

• NC_：基于染色体位置的参考序列；
• NG_：基于基因或基因组位置的参考序列；
• LRG_：基于基因座位置的参考序列；
• NM_：基于mRNA位置的参考序列；
• NR_：基于非编码RNA位置的参考序列；
• NP_：基于蛋白质氨基酸排列位置的参考序列。

二、基因水平变化

指对变异在基因水平的位置及类型进行描述，变异的描述通常包括3部分：前缀+基因位置+变异类型。例如：c.4375C>T，其中“c.”是前缀，代表参考序列类型；“4375”是位置，代表变异发生的位置；而“C>T”代表变异的类型；下面分别从前缀、位置、变异类型进行介绍：

2.1 前缀

前缀表示参考序列的类型，具体如下：

• “g.”：代表基因组参考序列；
• “c.”：代表编码DNA参考序列；
• “n.”：代表非编码DNA参考序列；
• “r.”：代表RNA参考序列；
• “p.”：代表蛋白质参考序列;
• “m.”：代表线粒体参考序列；
• “o.”：代表环状基因组DNA参考序列；

2.2 变异位置

指变异发生的位置，不同类型参考序列的描述有所不同，以下以临床上常用的编码DNA参考序列（“c.”）为例介绍。

2.2.1 在编码区(CDS)发生的变异定位（如图2绿色 ）

从起始密码子（ATG）的第一个碱基A为起点，以终止密码子(TGA，TAG，TAA)的最后一个碱基为终点进行计数，如“c.1、c.2、c.3。。。。。。c.26、c.27”。

2.2.2 在内含子区(Intron)发生的变异定位（如图2黄色 ）

内含子区变异的定位是根据相邻外显子的位置进行编号。

• 变异靠近内含子的5'端，则在上游外显子最后一位碱基编号的基础上，用“+数字”号表示，如“c.14+1、c.14+2。。。”；
• 变异靠近内含子的3'端，则在下游外显子第一位碱基编号的基础上，用“-数字”号表示，如“c.15-1、c.15-2。。。”；

2.2.3 在非编码区(UTR区)发生的变异位点（如图2蓝色 ）

• 变异位于编码序列之前(5’UTR区)，用“-数字”表示，如“c. -1，c. -2，c. -3。。。”；
• 变异位于编码序列之后(3’UTR区)，用“*数字”表示，如“c. *1，c. *2，c. *3。。。”；

图2.基因水平不同区域变异位置的描述

2.3 常见变异类型

图3.常见变异类型示例

三、蛋白水平变化

指对变异在氨基酸水平的位置及类型进行描述，变异的描述通常包括3部分：前缀+变异氨基酸位置+变异类型。根据变异类型的不同，变异描述有所不同：

四、变异命名的优先原则

4.1 3’规则

当一种基因变异的位置可以描述成多个位置时， 3'原则，即使用靠近3'端位置的核苷酸变化编号。例如：“ATCTAGGGACAT”变为“ATCTAGGACAT”；应该描述为c.8del，而不是c.6del或c.7del；

4.2 变异优先级

为了更好地理解和组织基因变异的信息，当一种变异可以描述成多种变异类型时，须按照以下优先级顺序描述：

替换＞缺失＞倒位＞重复＞转换＞插入

五、顺反式变异的命名

在顺反式变异命名中，用“[]”来代表等位基因，用“；”来分割两个变异。如g.[257A>G;289G>C]代表顺式变异，而g.[257A>G];[289G>C]代表反式变异。

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