空间转录组分析工具-seurat介绍

什么是空间转录组(ST)？以市面上最流行的10X为例：将冰冻组织切片(FF)或石蜡切片(FFPE)放置在10X Genomics Visium芯片的捕获区域内，进行HE染色和成像后，对组织切片进行透化处理，细胞内的mRNA释放出来，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获，并且每个探针都带有特异的位置序列，然后以mRNA为模版进行cDNA合成，构建文库后再通过测序，获得基因表达信息的同时，每一条测序reads因带有位置序列，从而能够获得基因表达的位置信息。

一个工具搞定空间转录组全流程分析!

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R语言代码快速分析PCR结果

生信干货：空间转录组结合病理切片的上游定量流程（spaceranger）